খালিশপুর দাখিল মাদ্রাসাটি ঝিনাইদহ জেলার মহেশপুর উপজেলাধীন ১নং এস,বি,কে ইউনিয়নের কালিগঞ্জ-চুয়াডাঙ্গা এশিয়ান হাইওয়ের খালিশপুর বাজারের কপোতাক্ষ নদের তীরে আম্রকাননের (কাচারী বাগান) পূর্ব পার্শ্বে অবস্থিত। মাদ্রাসার পশ্চিম পাশ দিয়ে বীরশ্রেষ্ঠ সিপাহী শহীদ হামিদুর রহমান সড়ক। মাদ্রাসার উত্তর-পশ্চিম কোণে সরকারী বীরশ্রেষ্ঠ শহদি হামিদুর রহমান ডিগ্রী কলেজ ও বীরশ্রেষ্ঠ সিপাহী শহীদ হামিদুর রহমান স্মৃতি জাদুঘর অবস্থিত। এছাড়া মাদ্রাসাটির দক্ষিণ পার্শ্বে খালিশপুর মহেশপুর সড়কের পূর্ব পার্শ্বে ৫৮ বিজিবি ব্যাট্যালিয়ন অবস্থিত।